3000元
新农合（新型农村合作医疗）的报销比例和起付线因医疗机构的级别而异。具体来说，住院5天花费5000元的情况下，报销金额的计算如下：
- 镇卫生院 ：
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起付线：100元
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报销比例：60%
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报销金额：（5000 - 100） × 60% = 2940元
- 二级医院 ：
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起付线：200元
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报销比例：40%
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报销金额：（5000 - 200） × 40% = 1920元
- 三级医院 ：
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起付线：500元
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报销比例：30%
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报销金额：（5000 - 500） × 30% = 1350元
因此，如果患者在镇卫生院住院，5天花费5000元，理论上可以报销2940元。如果在二级医院住院，可以报销1920元。如果在三级医院住院，可以报销1350元。
建议患者在住院前咨询当地的新农合经办机构或医院，以了解具体的报销政策和起付线，以便更准确地计算报销金额。
